全书分为总论和各论两大部分。总论部分包括中医消化病学概念与研究范畴、中医消化病学发展源流、消化系统的解剖与生理功能、病因病机、诊法、辨证与诊断、治则治法、中医消化病的常用方药、中医消化病的用药规律及配伍特点、中医消化病的预防护理。各论分为病证篇和疾病篇两部分，其中病证篇包含中医脾胃肝胆系统疾病、中医血证疾病两章，疾病篇包含功能性胃肠病、口腔与食管疾病、胃部疾病、胆道疾病、胰腺疾病、肝脏疾病、肠道疾病、出血性疾病。各论对脾胃生理、病理与诊法、治疗进行了全面而深入的论述。在病种的选择方面，我们力求做到选取临床常见病及中医治疗有特色的疾病。在具体的病种编写内容方面，考虑消化系统疾病自身的多发性特点，我们除了强调辨证论治和个体化治疗外，还本着发扬中医“药食同源”文化、发挥中医“治未病”优势，有病治病，无病强身，纳入了中成药、单方验方、药膳疗法等内容，以期防病于日常生活之中，减少医疗资源浪费，减轻医保负担。为了更好地继承名老中医的学术思想，各论部分的病种均有名医经验内容，分为学术观点和经典医案两部分，努力再现老中医们的临证过程，以期培养后继者的中医临床思维技能，提高临床诊治能力。